Le manque de données génétiques sur le COVID pourrait ralentir la découverte de la prochaine variante

Si la communauté scientifique a appris quelque chose sur le SARS-CoV-2, le coronavirus à l’origine de la COVID-19, c’est que le virus mute et s’adapte pour survivre en augmentant sa contagion.

Son code génétique a lentement changé à mesure qu’il se propage d’une personne à l’autre dans le monde entier. Pendant la majeure partie de ce temps, les mutations ne semblaient pas significatives en termes de dangerosité du virus. Certaines de ces mutations affaiblissent même le virus.

Cependant, des variantes sont apparues qui méritaient l’attention. Certains sont classés comme présentant un intérêt et d’autres préoccupants en raison de leur plus grande transmissibilité ou du possibilité d’augmenter le nombre de cas nécessitant une hospitalisation ou de réduire l’efficacité des vaccins et des traitements.

Pour détecter ces changements, des plateformes internationales ont été créées qui permettent le partage des données génétiques découvertes sur le coronavirus afin de détecter de nouveaux variants susceptibles d’apparaître.

Mais plusieurs scientifiques ont récemment averti que des lacunes dans les données génomiques pourraient entraver la recherche de la prochaine variante du COVID. Le séquençage des génomes du SARS-CoV-2 a aidé les chercheurs à suivre l’évolution du virus, mais de nombreux pays ne partagent pas toutes leurs données.

Ce qui se passe, c’est que de nombreux pays qui séquençent les génomes du SARS-CoV-2 n’en partagent qu’une fraction dans des dépôts publics, et de nombreuses séquences manquent d’informations importantes, selon une analyse mondiale de la surveillance génomique. Mais l’étude a également révélé que malgré ces défis, les pays sont devenus plus rapides pour partager des images au cours de la pandémie.

Le partage ouvert des données de séquençage du génome à partir d’échantillons de SARS-CoV-2 a permis aux chercheurs de suivre l’évolution du virus et est devenu une caractéristique de la pandémie. Mais les chercheurs craignent que les lacunes dans les données ne rendent difficile la détection de la prochaine variante inquiétante de la COVID-19 et puissent contrecarrer les efforts visant à y répondre rapidement.

Dans une étude publiée dans Nature Genetics cette semaine, des chercheurs ont collecté des données génomiques téléchargées dans des référentiels publics, y compris GISAID, entre le début de la pandémie et le 31 octobre 2021, comprenant environ 4,9 millions de génomes provenant de 169 pays.

Ils ont comparé ces séquences avec les rapports officiels de différents pays et ont découvert que sur 62 pays ayant communiqué ces données, 23 (plus d’un tiers) avaient augmenté de moins de 50 % de leurs séquences des variants d’intérêt Alpha, Beta, Gamma et Delta. Environ un quart des pays avaient téléchargé moins de 25 % de leurs séquences.

« Le manque d’échange est un problème mondial. Ce n’est pas seulement une question de pays riche ou pauvre », a déclaré le co-auteur Andrew Azman, épidémiologiste des maladies infectieuses à l’Université Johns Hopkins de Baltimore, dans le Maryland.

Punir la transparence

Les auteurs proposent plusieurs raisons pour lesquelles certains pays peuvent ne pas partager tous leurs flux dans des référentiels publics. « Certains échantillons n’ont peut-être pas été séquencés au départ, car il existe des moyens d’identifier des variants inquiétants sans séquencer les génomes entiers », explique Azman. « Et selon la technologie de séquençage utilisée par les chercheurs, certains échantillons n’étaient probablement pas d’une qualité suffisante pour être chargés », a déclaré Cynthia Saloma, biologiste moléculaire à l’université Diliman des Philippines à Quezon City.

Mais certaines des séquences non partagées sont susceptibles d’être conservées pour des raisons politiques, y compris les répercussions du fait d’être le premier pays à signaler une nouvelle variante préoccupante. « La plupart des pays qui partagent de telles données ont tendance à en souffrir », a déclaré Nnaemeka Ndodo, bioingénieur moléculaire au Centre nigérian pour le contrôle des maladies à Abuja. Par exemple, lorsque des chercheurs d’Afrique du Sud et du Botswana ont alerté le monde sur la variante Ómicron en novembre dernier, un grand nombre de pays ont répondu en fermant leurs frontières avec la région.

Dans certains pays, les gouvernements doivent examiner et approuver les séquences avant de les télécharger. Les gouvernements des pays tributaires du tourisme « pourraient demander à leurs laboratoires de ne pas partager de données en raison de l’impact que cela aura », a déclaré Malavige. Mais Azman affirme que le partage des données n’est qu’une partie de l’histoire. Certains pays partagent une grande partie de leurs échantillons, mais ils n’ont séquencé qu’une poignée de génomes, dit-il.

Les chercheurs ont découvert que 87 pays séquençaient régulièrement des échantillons, mais que 31 ne l’avaient pas fait, et l’équipe n’a pas pu trouver d’informations sur les stratégies de surveillance génomique pour 76 autres. À l’échelle mondiale, pas plus de 4,5 % des cas confirmés de COVID-19 ont été séquencés chaque semaine à partir de septembre 2020, avec de grandes disparités entre les régions, passant d’un total de 3,4 % des génomes séquencés en Europe au cours de la période d’étude à 0,1 % en Méditerranée orientale. Certains pays, dont la Norvège, le Royaume-Uni et le Canada, ont séquencé au moins 10 % de leurs cas cumulés.

Données sur les données

L’étude a également évalué la qualité des métadonnées téléchargées sur GISAID par 169 pays. Il a constaté que 63 % des séquences ne contenaient pas d’informations sur l’âge et le sexe de la personne sur laquelle les échantillons avaient été prélevés, et que plus de 95 % ne contenaient pas d’informations cliniques telles que la gravité des symptômes et le statut vaccinal de la personne infectée. Les pays à revenu élevé avaient tendance à fournir moins de métadonnées que les régions à faible revenu.

Les métadonnées sont particulièrement importantes lorsqu’une nouvelle variante émerge, pour évaluer qui est le plus à risque, dans quelle mesure les vaccins et les médicaments existants fonctionneront et les conditions qui auraient pu conduire à leur émergence, ont déclaré les chercheurs.

Encore une fois, les lacunes dans les informations peuvent être dues à de nombreuses raisons, telles que des préoccupations concernant la confidentialité des données, et le fait que la collecte des métadonnées ne peut pas suivre le rythme des échantillons séquencés. Parfois, il peut manquer des métadonnées à un échantillon, mais il provient d’une province éloignée, il est donc trop précieux pour ne pas être partagé, a déclaré Nino Susanto, un bioingénieur qui dirige le laboratoire de test COVID-19 GSI Lab à Jakarta.

Malgré les défis liés au partage des données, l’étude a également révélé que les pays sont devenus plus rapides à partager des séquences pendant la pandémie. En 2020, les chercheurs de la plupart des pays ont mis près de trois mois, en moyenne, pour collecter, séquencer et télécharger des données génomiques dans des référentiels publics (voir Accélération). Cependant, ce délai a été réduit à 20 jours lorsque la variante Delta est apparue en 2021.

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