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ASCIRES SISTEMAS GENÓMICOS
(ASCIRES SISTEMAS GENÓMICOS/)
科学界がCOVID-19疾患の原因となるコロナウイルスであるSARS-CoV-2について何かを学んだ場合、ウイルスは変異し、感染を増加させることで生き残るために適応します。
その遺伝暗号は、世界中で人から人へと広がるにつれてゆっくりと変化しました。そのほとんどの時間、突然変異はウイルスの危険性の点で重要ではないようでした。これらの突然変異の中には、ウイルスを弱めるものもあります。
しかし、注目に値する変種が登場しました。伝染性が高いため、関心のあるものと懸念されるものに分類されるものもあります。入院が必要な症例数が増加したり、ワクチンや治療の有効性が低下したりする可能性。
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これらの変化を検出するために、コロナウイルスについて発見された遺伝子データを共有して、発生する可能性のある新しい変異を検出できる国際的なプラットフォームが作成されました。
しかし、最近、ゲノムデータのギャップがCOVIDの次のバリアントの検索を妨げる可能性があると警告している科学者が何人かいます。SARS-CoV-2ゲノムの配列決定は、研究者がウイルスの進化を追跡するのに役立ちましたが、多くの国ではすべてのデータを共有していません。
ゲノムサーベイランスの世界的な分析によると、SARS-CoV-2ゲノムを配列決定する多くの国が公開リポジトリでそれらの一部しか共有しておらず、多くの配列に重要な情報が欠けていることが起こります。しかし、この調査では、これらの課題にもかかわらず、パンデミックの過程で各国が映像を共有するのが速くなっていることもわかりました。
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SARS-CoV-2サンプルからのゲノム配列決定データをオープンに共有することで、研究者はウイルスがどのように進化するかを追跡することができ、パンデミックの特徴となっています。しかし、研究者は、データのギャップにより、COVID-19の次の懸念される変異体の検出が困難になり、迅速に対応する取り組みが妨げられる可能性があることを懸念しています。
今週Nature Geneticsに掲載された研究では、パンデミックが始まってから2021年10月31日までの間に、GISAIDを含む公開リポジトリにアップロードされたゲノムデータを収集しました。169か国から490万のゲノム。
彼らは、これらのシーケンスを各国の公式レポートと比較したところ、これらのデータを報告している62カ国のうち、23カ国（3分の1以上）が関心のあるバリアントのアルファ、ベータ、ガンマ、デルタのシーケンスの50％未満しか上昇していないことを発見した。約4分の1の国がアップロードしたシーケンスの25％未満でした。
「交流の欠如は世界的な問題です。それは単に豊かな国や貧しい国の問題ではありません」と、メリーランド州ボルチモアにあるジョンズホプキンス大学の感染症疫学者である共著者のアンドリュー・アズマンは述べています。
透明性を罰せる
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著者らは、一部の国がすべてのストリームをパブリックリポジトリで共有していない理由をいくつか示唆している。「そもそも一部のサンプルは配列決定されていない可能性があります。なぜなら、ゲノム全体を配列決定しなくても、気になる変異体を特定する方法があるからです」とアズマン氏は言います。ケソンシティにあるフィリピンのディリマン大学の分子生物学者、シンシア・サロマ氏は、「研究者が使用したシークエンシング技術にもよりますが、一部のサンプルはおそらくロードするのに十分な品質ではありませんでした」と語っています。
しかし、共有されていないシーケンスのいくつかは、新しい懸念の変種を報告した最初の国であるという影響を含む、政治的な理由で保持される可能性が高い。アブジャのナイジェリア疾病対策センターの分子バイオエンジニアであるNnaemeka Ndododoは、「このようなデータを共有しているほとんどの国では、このようなデータに苦しむ傾向があります。たとえば、南アフリカとボツワナの研究者が昨年11月にオミクロンバリアントについて世界に警告したとき、多くの国がこの地域との国境を閉鎖することで対応しました。
一部の国では、政府がシーケンスをアップロードする前に確認および承認する必要があります。観光依存国の政府は、「影響があるため、研究所にデータを共有しないように求めることができる」とMalavige氏は述べた。しかし、Azmanは、データ共有はストーリーの一部にすぎないと主張しています。一部の国ではサンプルの大部分を共有していますが、ゲノムの配列決定はほんの一握りしか行っていません、と彼は言います。
研究者らは、87か国が日常的にサンプルの配列決定を行っているが、31か国ではサンプル配列決定を行わず、チームは別の76カ国のゲノムサーベイランス戦略に関する情報を見つけることができなかったことを発見しました。全世界では、COVID-19の確定症例数のうち、2020年9月以降毎週配列決定されたのは4.5％以下で、地域間で大きな差異があり、研究期間中にヨーロッパで配列決定されたゲノムの合計3.4％から、地中海東部では0.1％でした。ノルウェー、英国、カナダを含む一部の国では、累積症例の 10% 以上がシーケンスされています。
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データオンデータ
この調査では、169か国がGISAIDにアップロードしたメタデータの質も評価されました。その結果、シークエンスの 63% にはサンプルを採取した人の年齢や性別に関する情報が含まれておらず、95% 以上が症状の重症度や感染者のワクチン接種状況などの臨床情報が不足していることがわかりました。高所得国では、低所得地域よりもメタデータが少ない傾向がありました。
メタデータは、新しい変異体が出現したとき、誰が最も危険にさらされているか、既存のワクチンや薬がどれだけうまく機能するか、そしてそれらの出現につながった可能性のある状態を評価するために特に重要であると研究者らは言います。
繰り返しになりますが、データのプライバシーに関する懸念や、メタデータの収集がサンプルのシーケンシングに追いつけないなど、情報のギャップが生じる原因は数多く考えられます。ジャカルタのCOVID-19検査ラボGSIラボを運営するバイオエンジニア、ニノ・スサント氏は、サンプルにメタデータが欠落している場合があるが、遠隔地の州からのものであるため、共有するには価値が高すぎると語った。
データ共有の課題にもかかわらず、この調査では、パンデミックの間、各国がシーケンスを共有するのが速くなっていることもわかりました。2020年、ほとんどの国の研究者は、ゲノムデータの収集、シーケンス、公開リポジトリへのアップロードに平均で3か月近くかかりました（アクセラレーションを参照）。しかし、2021年にデルタバリアントが登場したとき、それは20日に短縮されました。
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